Del COVID-19 a la vigilancia genómica: ¿cómo el Perú convirtió una crisis en capacidad científica?

La pandemia de COVID-19 constituyó uno de los retos más difíciles para el sistema de salud peruano. Pero en medio de esa emergencia, se desarrolló una red de vigilancia genómica que permite identificar y monitorear en forma oportuna virus de importancia para la salud pública. Gracias a esta iniciativa encabezada por el Instituto Nacional de Salud (INS) el país se posiciona como el segundo en Sudamérica con más genomas del virus SARS-CoV-2 secuenciados, solo por detrás de Brasil. Y lo que es más importante, esa capacidad ahora se aplica para fortalecer la vigilancia del dengue, la influenza y la viruela símica; proporcionando respuesta más rápida y basada en evidencia frente a posibles amenazas. Un artículo publicado en la Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública cuenta cómo se logró.

¿Qué es la vigilancia genómica y por qué es importante?

Cuando un virus infecta a una persona, su material genético conserva información que revela cómo es y cómo va cambiando con el tiempo. La vigilancia genómica consiste precisamente en analizar ese material genético para entender cómo evoluciona el virus, detectar nuevas variantes y rastrear cómo se propaga entre personas y regiones.

A diferencia de una prueba de diagnóstico común —que solo confirma si una persona está infectada—, la secuenciación genómica permite ver de qué tipo es el virus y si tiene características nuevas que lo hagan más peligroso o capaz de escapar a la inmunidad. Esta información es sumamente importante para que las autoridades sanitarias tomen decisiones oportunas.

Antes de la pandemia, esta tecnología era usada casi exclusivamente en países desarrollados. En el Perú, el INS la aplicaba de forma muy limitada. El COVID-19 cambió eso por completo.

Un avance que hoy protege la salud de todos

Desde el primer genoma del virus SARS-CoV-2 secuenciado en marzo de 2020 hasta abril de 2024, el INS secuenció y analizó 48 691 genomas procedentes de las 25 regiones del país consolidando una red nacional de vigilancia genómica. Entre los principales logros destacan:

• Se identificaron 8 variantes del virus —incluyendo Alfa, Gamma, Delta y Ómicron— y 465 linajes circulantes en el territorio nacional, lo que permitía conocer como evolucionaba el virus en el país.
• El Perú propuso y logró el reconocimiento oficial de 25 linajes nuevos ante el comité científico internacional Pangolin, es decir, variantes identificadas por primera vez en el país y luego detectadas en otros lugares del mundo.
• La detección oportuna de variantes de preocupación permitió al Ministerio de Salud tomar decisiones informadas durante cada ola epidémica.
• Todos los datos genómicos fueron publicados en plataformas internacionales abiertas, contribuyendo al conocimiento científico global.

La capacidad fue creciendo progresivamente: de 851 genomas secuenciados en 2020 se pasó a 12 246 en 2021 y a 29 157 en 2022, el año de mayor demanda por la explosión de linajes de Ómicron.

Superar la geografía: el reto de llegar a todo el país

Implementar esta red en un país con la geografía del Perú no fue tarea sencilla. El INS articuló con los 25 laboratorios de referencia regional, responsables de la selección y el envio de muestras para su análisis, proceso que toma aproximadamente 15 días desde la recepción de la muestra hasta la obtención de los resultados.

Para llegar a las zonas más alejadas del país, el INS implementó el «Gen Maskaq»: un laboratorio móvil adaptado en un vehículo motorizado equipado para realizar secuenciación genómica directamente en regiones con mayor necesidad. Asimismo, a finales de 2021 se descentralizó la capacidad de secuenciación a tres regiones clave —Piura, Cusco y Junín— permitiendo que cada una procese hasta 48 muestras semanales de forma independiente.

Capacidad que enfrenta otras amenazas

La infraestructura, el personal capacitado y los protocolos desarrollados para el SARS-CoV-2 resultaron ser una plataforma invaluable para responder a otros brotes:

• Viruela símica: cuando la Organización Mundial de la Salud declaró el brote en 2022, el INS fue la única institución en el Perú que realizó caracterización genómica de los casos. Se secuenciaron 575 genomas y se identificó un linaje propio del país —el B.1.6— que se dispersó a nivel nacional.
• Influenza: desde 2023 se realiza secuenciación trimestral de los virus de influenza, incluyendo 13 muestras del subtipo H5N1 —la influenza aviar de alta patogenicidad— detectadas en aves y mamíferos de la costa peruana.
• Dengue: en 2024 se implementó la vigilancia genómica del dengue, con 1 184 muestras caracterizadas ese año. Esta vigilancia permitió detectar el surgimiento de un nuevo clado del serotipo DENV-3, un hallazgo clave para entender la epidemia de dengue que atraviesa el país.

Los desafíos para fortalecer esta capacidad

Los investigadores son claros en señalar que el camino no está terminado, existen aún retos para consolidar la vigilancia genómica como recurso estratégico continuo. La geografía accidentada del país sigue dificultando el traslado oportuno de muestras desde zonas remotas. A lo que se suma el financiamiento que es una preocupación constante que permita mantener infraestructura, equipamiento y capacitación continua del personal. Y aún es necesario descentralizar el proceso de secuenciación a más regiones del país.

Una lección que trasciende la pandemia

Lo que esta experiencia demuestra es que sí es posible desarrollar capacidades científicas de alto nivel en un país de ingresos medios, incluso en condiciones de emergencia. La clave estuvo en la coordinación entre instituciones, la formación de equipos especializados, la inversión en infraestructura y la integración con redes internacionales de vigilancia.

En 2023, esta iniciativa fue reconocida como Buena Práctica en Gestión Pública por la organización Ciudadanos al Día, y obtuvo el tercer lugar en el XVIII Encuentro Nacional de Experiencias en Mejoramiento de la Calidad en Salud del MINSA. Reconocimientos que reflejan el valor de lo construido en medio de la peor crisis sanitaria de las últimas décadas y que ahora ayuda a prevenir y responder mejor ante cualquier enfermedad.

Este artículo está basado en el estudio «Implementación de una red de vigilancia genómica de SARS-CoV-2 como estrategia para enfrentar otros retos sanitarios en Perú», publicado en la Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública. Disponible en: https://doi.org/10.17843/rpmesp.2026.431.15048